Muzaffer Sarısözen 1899 senesinde, Osmanlı İmparatorluğu topraklarındaki Sivas vilayetinde bulunan Cami-i Kebir Mahallesi'nde doğmuştur. Babası Hüseyin Hüsnü Efendi, annesi Zeliha Hanım'dır. Beş evlattan, en küçüğüdür. "Sarısözen" ailesinin soyismi, dedesi Yakup Efendi'nin sarı ve uzun saçlarından gelmektedir. Dedelerinin tamamı Nakşibendi Şeyhi'dir.
Müzik eğitimine çocuk yaşlarda başladı. Ud ve bağlama çalmayı öğrendi. Tahsilini Sivas ilinde tamamladı. Bir dönem ilkokul öğretmenliği mesleğinde bulundu. İstanbul'da iki yıl konservatuvar eğitimi aldıktan sonra tekrar memleketine döndü. Müzik hocalığı yaptı. Türkiye'yi şehir şehir dolaşıp derlemeler gerçekleştirdi. Buralardan edindiği enstrümanlarla kendisine bir koleksiyon oluşturdu.
1930 senesinde Ahmet Kutsi Tecer ve Vehbi Cem Aşkun ile yolları kesişti. Ahmet Kutsi Tecer'in 1930 senesinde Halk Şairlerini Koruma Derneğini kurmasına destek verdi. Bu derneğin kuruluşu, Halk Şairleri Bayramı'nın kutlanmasına önayak oldu. Aşık Veysel de bu şenliklerde keşfedildi.
1938 senesinde Ankara Devlet Konservatuvarı Folklor Arşivi Şefliğine atanır. Bu dönemden sonra derleme yılları başlar. Binlerce türkü ve hikaye derlenir, TRT arşivlerine kazandırılır. 1937 senesinden, 1957 senesine kadar on sekiz büyük derleme gezisinde bulunur. Muzaffer Sarısözen'in Sivas vilayeti ve yöresini iyi bilmesi derleme ekibinin işlerini kolaylaştırır.
Yurttan Sesler programını, Ankara Radyosunda yönetme görevinde bulunur. Birçok derlemesi dergilerde yayınlanır.
Türkiye dışında gerçekleştirilen pek çok halk dansları festivalinde başkanlık görevini icra eder. 1955 senesinde Yapı Kredi Bankası'nın kurduğu Halk Oyunları Yaşatma ve Yayma Tesisinin ortaya çıkarılmasında payı büyüktür.
1941 senesinde "Seçme Köy Türküleri", 1952 senesinde "Yurttan Sesler", 1963 senesinde "Türk Halk Musikisi Usulleri" eserlerini oluşturur.
Bunlardan başka, Sarısözen'in yazıp da yayınlanmayan, "Altay Türkleri Halk Musikisi" ve "Türk Halk Oyunlarından Sivas Halk Oyunları" isimli iki eseri daha bulunur.
1951 senesinde Neriman Altındağ ile dünya evine girer. Bir yıl sonra Sarısözen Cizre'de derleme çalışmaları yaptığı sırada evladı Memil dünyaya gelir.
1962 yılında prostat rahatsızlığı baş gösterir ve bir yıl sonra, Devlet Demiryolları Hastanesinde tedavisi başlayan Sarısözen, Ankara Hastanesinde 4 Ocak 1963'de, altmış dört yaşında vefat eder.
Naaşı büyük bir törenle Asri Mezarlığında toprağa verilir.
Ölümünden sonra "Muzaffer Sarısözen - Hayatı, Eserleri ve Çalışmaları" isimli bir kitap "Kültür Bakanlığı" tarafından yayınlanır. Fotoğrafı, PTT'nin hazırladığı pulların üzerine basılır.